Eine Besonderheit ist das schulspezifische Lernzeitenkonzept. Die Schüler*innen der Margaretenschule haben an 3 von 4 Unterrichtstagen eine zeitlich festgesetzte Lernzeit, an der sie an ihrem individuellen Lernzeitenplan arbeiten. Die 4. Lernzeit ist die sogenannte Lea Zeit (Lernen eigenverantwortlich und aktiv) dort finden verschiedene wechselnde Angebote statt, wie beispielsweise Kochen und Backen, Nähen, Trommeln. Das Ganze ist rollierend, das bedeutet, das die Gruppen regelmäßig wechseln und somit jedes Kind in einem Schuljahr möglichst viele verschiedene Angebote wahrnehmen kann.